土地使用权发生争议，由当地政府或者县级以上的土地行政管理部门处理，一般不存在诉讼时效。

一、一般土地使用权争议的调处期间

《图土地管理法》第l6条特别是国土资源部的《土地权属争议调查处理办法》规定比较详细，具体如下：

当事人就使用权争议向县级以上人民政府、县级以上国土资源行政主管部门或乡级以上人民政府提出处理申请的，上述部门应在收到申请书之日起7个工作日内提出是否受理的意见。认为应当受理的，在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送被申请人。被申请人应当在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据材料。如果当事人向国土资源行政主管部门提出申请的，国土资源行政主管部门认为不应当受理的，应当及时拟定不予受理建议书，报同级人民政府作出不予受理决定。何谓及时，并无专门解释，依照《最高人民法院关于执行>若干问题的解释》最多为两个月，但不能机械地理解为一定要等到近两个月，当然是越快越好。

当事人对不予受理决定不服的，可以在收到不予受理决定书之日起两个月申请复议或在三个月内提起行政诉讼。正式受理的土地使用权争议，当事人愿意调解并达成有效调解书的，调处部门应在调解书生效之日起l5日内送达当事人。国土资源行政主管部门主持调解但未达成协议的，应当自受理使用权争议之日起6个月内提出调查处理意见，情况复杂的，经主要负责人批准可以适当延长；拿出调查处理意见后应当在5个工作日内报同级人民政府批准，并下发处理决定。乡级以上人民政府直接受理并作出处理决定，法律和规章未规定期间，也应以6个月为宜，如遇复杂情况，经主要负责人同意可以适当延长。当事人在收到处理决定通知之日起既可以在两个月内向上一级人民政府申请复议，也可以在30日内向人民法院起诉。尤要指出的，土地使用权争议经政府处理是诉讼的前置程序，未经政府处理不可直接诉至法院，此诉讼属行政诉讼范畴。