《国家基本药物》目录是国家药品监督管理局根据世界卫生组织的建议，按照临床治疗必需、疗效好的原则制定的，用于指导临床医生合理用药，引导药品生产企业生产方向的药品目录。《国家基本药物》目录与《基本医疗保险药品目录》的主要区别，一是二者的作用不同。《国家基本药物》目录主要用于指导临床医师合理选择用药品种，通过引导药品生产企业的生产方向，保证基本药物的市场供应；而《基本医疗保险药品目录》的主要作用是为了控制基本医疗保险支付药品费用的范围，是社会保险经办机构支付参保人员药品费用的依据。其目的是为了保障参保人员的基本医疗需求，保证医疗保险基金的收支平衡。二是制定的依据不同。《国家基本药物》目录主要考虑药品临床使用的合理性和安全性，以及全社会的基本用药水平；而《基本医疗保险药品目录》在考虑参保人员用药安全和疗效的同时，重点要依据基本医疗保险基金的承受能力，要考虑药品的价格因素。三是应用范围不同。《国家基本药物》目录适应全社会所有人群，而《基本医疗保险药品目录》只适用于基本医疗保险的参保人员。四是执行效力不同。《国家基本药物》目录对临床医生用药起指导作用，主要通过对社会宣传和医生培训，引导自觉使用目录；而《基本医疗保险药品目录》在社会保险经办机构支付费用时执行。