公证并不是医疗事故赔偿协议书生效的必要条件，签订协议书的双方有民事行为能力，并且是双方真实意思表示，不违反法律规定和不违背公序良俗的，就具有法律效力。

《中华人民共和国民法典》

第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

《医疗事故处理条例》第四十七条双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。

一、医疗纠纷找哪个部门解决

可以去卫生部、国家中医药管理局或县级以上地方人民政府卫生行政部门进行投诉；可以进行调解或提起诉讼。

根据《医院投诉管理办法（试行）》第四条卫生部、国家中医药管理局负责全国医院投诉管理工作的监督指导。县级以上地方人民政府卫生行政部门（含中医药管理部门，下同）负责本行政区域内医院投诉管理工作的监督指导。

根据《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：

（一）双方自愿协商；

（二）申请人民调解；

（三）申请行政调解；

（四）向人民法院提起诉讼；

（五）法律、法规规定的其他途径。

二、医疗纠纷的调解程序

（一）调委会应当指定1名或2名人民调解员主持调解，医患双方当事人对调解员提出回避要求理由成立的，应当予以调换；

（二）医患双方当事人可聘请律师或委托代理人参加调解；

（三）调解应当在专门设置的调解场所进行；

（四）调解人员进行调解时应当做好调解笔录。