按照相关规定，校车中巴车超载50%，司机扣6分罚款500元的处罚。

根据《道路交通安全法》第92条规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下罚款：

超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下罚款。货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款；

超过核定载质量30%或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。

一、幼儿园校车超载处罚的相关规定是什么？

对于校车超员，一般是按照客车超员的规定进行处理的。

1、客车超载扣分标准：

驾驶营运客车(不包括公共汽车)、校车载人超过核定人数20%以上的一次扣12分；

驾驶营运客车(不包括公共汽车)、校车载人超过核定人数未达20%的，或者驾驶其他载客汽车载人超过核定人数20%以上的一次扣6分。

2、客车超载罚款标准：

公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；

超过额定乘员百分之二十(20%)或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。

二、车辆超载会影响事故责任认定吗？

当事人的责任是指公安机关交通管理部门在履行行政管理职责时所认定的责任，实际上是指当事人的行为是否构成交通违章、是否构成过错，以及当事人行为对交通事故形成的影响力的大小。因此，车辆超载是会影响事故责任认定。

1、公安机关交通管理部门应当根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作交通事故认定书，作为处理交通事故的证据。交通事故认定书应当载明交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，并送达当事人。

2、公安机关交通管理部门应当根据交通事故当事人的行为对发生交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。

3、公安机关交通管理部门经过调查后，应当根据当事人的行为对发生交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。