国税函[2009]694号第一条规定，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。这就是说企业年金个人缴费部分也要计算缴纳个人所得税。

例一，甲公司实行年金计划，公司总经理李某月工资10000元，12月，公司已向其年金账户缴存当月应缴金额3000元，其中企业缴费2000元;个人缴费1000元。该月李某应缴多少个人所得税?

由于年金中个人缴费1000元，不得在其当月工资、薪金中扣除，因此，李某应缴工资、薪金个人所得税745元[(10000-3500)×20%-555]。

国税函[2009]694号第二条第一款规定，对于企业年金的企业缴费计入个人账户的部分(以下简称企业缴费)是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金(不与正常工资、薪金合并)，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。