1、民事调解制度缺陷一：是随意启动调解程序。

合法是民事诉讼调解有效的前提，含概了程序合法、实体合法。中国民事诉讼法规定，法院调解贯穿于审判程序的全过程，这意味着调解没有独立的程序。法官可以随时组织当事人调解，启动调解程序的随意性较大，造成诉讼调解中法官中心地位和主导作用过于突出，有悖于当事人主义的调解原则，使双方当事人诉讼权利受到一定压制，当事人自由选择纠纷解决方式的诉讼权受到侵害，同时也为强制调解、恣意性调解留下了广泛的空间，失去法院调解所具有的独特的公正价值。

2、民事调解制度缺陷二：是调解无具体期限，限制当事人的上诉权。

中国的法院调解制度所采取的是调审合一的模式，即调解和审判可以动态转换，法官可以随时主动地决定进入调解程序。较之判决，调解可以使法官在相对的时间内提高办案数量、回避法律适用，减少上诉案件，法官的风险最大化地降低，这无疑促使法官更多地适用调解。也变相剥夺了当事人的上诉权，限制了上一级法院的司法监督功能。中国《民事诉讼法》第89条规定调解达成协议，人民法院应当制作调解书，调解书应当写明诉讼请求、案件的事实和调解结果。……调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。调解协议一经生效，即表明当事人之间的争议已经解决，产生与生效判决同等的效果，除个别特殊案件(如调解和好的离婚、维持收养关系的案件)外，不得再行起诉、上诉，因而审判监督机制难以发挥作用。同时，由于调解协议或送达回证上的签字属于自愿，当事人尽管可能无奈，但也只好忍气吞声。而且正是由于这种自愿，除严重违反程序外，使当事人无法提出充分证据，从而导致再审的机会几乎为零。

3、民事调解制度缺陷三：是对违法调解缺乏制约。