1、补偿标准低。土地管偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市人民政府违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方政府利益，通常将补偿标准规定较低。

2、随意性大。在农民房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样；另外，有的农村集体经济组织依法收回土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。

3、拆迁协议凸显家事代理性。在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了集体土地使用权证，而未办理房屋所有权证。

4、处理难度大，主要有以下几个方面：

（1）案情复杂。

（2）群体性纠纷多，社会影响大。

（3）息诉工作难做。

房屋拆迁怎么评估？

房屋拆迁评估有以下步骤：

1、必须具有相关资质的专业评估机构才能进行评估。

2、户主需要准备好产权登记资料、房屋建筑资料、土地资料等房屋拆迁相关的资料。

3、由评估人员现场勘查。

4、咨询综合分析，确定合理补偿基数，为补偿提供可靠数据。

5、编写评估报告，作出评估意见，并确定具体房屋价格。

6、评估复核和审批。在评估工作人员完成评估工作后，由复核员到实地进行复核，复核后报审批人员进行审批。

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十三条，对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。