增值税发票开票期限规定不是90天。目前我国已经取消了增值税扣税凭证认证确认期限。根据相关法律规定，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。

增值税发票认证期限以及抵扣期限：

增值税一般纳税人，在收到增值税专用发票后，在发票开具日期起180天之内认证，可以抵扣进项税，当期够抵扣不完的，可以留抵。

根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发［2003］17号）规定：

1、增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。

2、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。

注：如果企业清算、注销，要将没有抵扣完的留抵额做进项税额转出。

《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》第一条

增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。纳税人在进行增值税纳税申报时，应当通过本省（自治区、直辖市和计划单列市）增值税发票综合服务平台对上述扣税凭证信息进行用途确认。