商品房购买协议中关于房屋建筑面积误差的处理方式可由买卖双方自行协商决定。若差异范围在总建筑面积的3％以内，则按实际测量面积进行结算支付；但是如果超出了这个比例限制，此时买方有权利选择退房；若买方坚持不退房，当登记面积大于约定面积时，超出3％的部分应由买方进行补充支付；而对于超过3％的部分，则由房地产开发商负责承担，并将所有权归属买方所有；反之，若登记面积小于约定面积，且在3％以内的部分，则由开发商向买方进行返还；但若超过3％，则开发商需以两倍的金额向买方进行补偿。

《商品房销售管理办法》第二十条按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：面积误差比绝对值在3％以内的，据实结算房价款；面积误差比绝对值超出3％时，买受人有权退房。买受人退房的，房地产开发企业应当在买受人提出退房之日起30日内将买受人已付房价款退还给买受人，同时支付已付房价款利息。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3％以内部分的房价款由买受人补足；超出3％部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3％以内部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3％部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。产权登记面积－合同约定面积面积误差比＝─────────────×100％合同约定面积因本办法第二十四条规定的规划设计变更造成面积差异，当事人不解除合同的，应当签署补充协议。