网站代理合同纠纷处理方法如下：

1、协商。

2、调解，合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解。

3、仲裁，合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4、诉讼，如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。

网站代理合同注意事项：

（1）合同的基本条款要具备，尤其是交易的内容、履行方式和期限、违约责任要约定清楚。

（2）查阅国家对该交易有无特别规定，目的在于确定双方的权利义务是否合法有效。

（3）向律师事务所、公司法律顾问咨询相关业务的实际开展情况，了解业务发生纠纷的概率和纠纷的起因、种类，以便在订立合同时尽可能避免同样缺憾的发生。

（4）可能的话，通过行政机关的公证、律师见证和公证，通过相关机构的中介作用，使合同的内容尽可能完备。

（5）签署合同时合同表面要字迹清楚，整洁，推荐使用合同专用纸张打印。

《民事诉讼法》第二十三条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。