工程纠纷可以找的部门：工程纠纷应找劳动或司法部门，如公安局、人民法院等。在项目法人出资方出资到位的情况下，施工企业只应将项目法人作为被告。法律规定，施工单位各方因工程引起的纠纷，受害人可根据《民事诉讼法》的规定，向法院提起民事诉讼。

一、农民工恶意讨薪怎么办

农民工恶意讨薪的处理如下：

1、如果遭遇到农民工的恶意讨薪，当事人可以选择先报警，让警察用专业的能力处理这件事；

2、如果包工头在恶意讨薪的过程中，对当事人的人身安全和经济构成了威胁，当事人可以通过向法院提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。

一、农民恶意讨薪罪的构成要件具体如下：

1、违反社会治安管理规定，造成严重影响的；

2、采取爬楼、爬吊塔、切断水电、冲击施工现场等方式，妨碍正常施工现场管理、办公秩序，造成严重损失的；

3、采取敲诈、勒索、胁迫索取建设领域工程款、材料款、劳务款或农民工工资等方式，涉嫌欺诈或以合同纠纷为由蓄意闹事的；

4、组织农民工或非施工现场人员参加聚集或闹事的；

5、不服从政府部门管理，威胁相关政府工作人员人身安全等严重影响政府有关部门调处的。

二、恶意讨薪的表现形式如下：

1、低价承接工程，高价讨要工资；

2、采用少量人员承接工程，聚集大量农民工讨要工资；

3、在施工过程中产生质量、安全、进度问题，拒绝承担协议责任，与发包方发生矛盾；

4、利用工人讨薪的形式解决工程各方合同纠纷；

5、少数社会劳务分包人员，私自揽活随意要价，利用农民工的特殊身份实施恶意讨薪包工头发生亏损或价款支付不到位的情况下，不履行协议，指使农民工以拖欠工资的名义向中标单位追要。

二、建设工程合同纠纷能不能仲裁

民诉法规定建设工程合同纠纷属于专属管辖的范围。根据民事诉讼法规定，因不动产纠纷提起的诉讼适用专属管辖，当事人在约定管辖、提起管辖权异议的时候都不能违反级别管辖和专属管辖的有关规定。因此，建设工程施工合同纠纷当事人，只能由不动产所在地即建设工程所在地法院管辖案件，不能约定其他法院管辖。专属管辖是法院管辖独有的制度，仲裁没有专属管辖。由此可见，专属管辖是针对法院的管辖权而言的，即属于专属管辖的案件只能由特定的人民法院管辖，其他法院无权管辖，但是，专属管辖不得对抗仲裁，即当事人可以选择由仲裁机构仲裁解决纠纷。此外，涉外民事诉讼中的专属管辖同样如此，当事人可以选择仲裁，而且可以选择我国的仲裁机构，也可以选择外国的仲裁机构。因此，当事人可以在建设工程合同中约定仲裁，不违反民事诉讼法的规定。建设施工双方签订建设工程施工合同时有权约定除建设工程所在地法院之外的法院管辖。但双方可协商约定仲裁，比如“某某仲裁委员会”，但是仲裁和诉讼两者只能选择其一。