一般地，在通常情况下同一银行不同分支行之间可以合法有效地相互扣划客户存款以行使抵销权。但在破产程序中是否仍然准许这种做法，即允许债务人对银行某分支行的负债由同一银行其他分支行对其的负债向抵销?

其实对于这一问题的分析，一如前面已经说明的问题一样，只要符合法律规定的破产程序下行使抵销权的诸项要求，而且实际上抵销权的行使也并不害及所有债权人的一般清偿利益时，自无限制其行使权利的理由，因此只要贷款银行满足了行使破产抵销权的程序性要求，包括向破产管理人主张，申报债权、接受人民法院审查批准等，就可以行权，而且也没有必要作出一般性的、笼统的限制性规定，排除所有情况下破产程序中银行不同分支机构债权的抵销。因为即便作出了此类排除性或限制性规定，不同分行之间为了行权也会做出一些规避法律的行为。

实践中，有的商业银行分支机构在跨地区行使抵销权时，往往通过类似于“债权转让”的方式进行。例如，甲地支行先将其对客户享有的贷款债权“转让”给乙地支行，再由乙地支行以其受让的债权与客户在乙地支行账户中的存款进行抵销。由于甲乙支行均属于其总行辖属的分支机构，并不具有独立的法人资格，并根据总行授权代表总行对客户贷款债权进行管理，因而甲乙支行之间所谓的“债权转让”在法律上并不是真正的债权转让，实际上只是贷款债权管理权的转移，在贷款管理权转移之后，乙支行将代表总行既对客户享有贷款债权，又对客户负有债务，在形式上更符合抵销权的行使要件。因此，这种行使抵销权的方式应该得到法律的肯定和认可。在破产程序中也是如此，因为只有一个独立法人资格的银行的利益是一致的，不同的分支行的利益都同属于总行利益。

当然，上述行为又涉及到另一个问题，即在破产程序中银行抵销权的具体行使方式：是由主动抵销的分支机构作出，还是有分支机构的共同上级机构作出，还是由总行作出?在法人行为理论下，出于诉讼和权力成本的考虑并从保全银行债权的角度出发，应当允许向有债权的分支机构即可实施抵销。