首先，从依法批准征用、占用土地的设定权限，可以看出该犯罪主体有以下三类：一是县级以上人民政府领导。主要是政府中分管土地管理工作的领导；二是县级以上土地管理部门的负责人。包括法定代表人和分管建设用地的领导；三是土地管理部门具体办理建设用地的经办人员。包括业务处（科）长、办事人。

其次，根据规定的程序，批准用地应先由土地管理部门用地处（科）室的督促检可经办人审查，处（科）长审核签字，再报分管副局长签字后报局长签字。最后送政府分管领导签字批准。

第三，非法批准征用、占用土地犯罪案件，究竟应追究谁的刑事责任？如果从该罪条款字面上理解，应追究有批准权的人员的刑事责任。那么，上述国家机关工作人员仅指县级以上人民政府的分管领导。因为，根据修订后的《土地管理法》规定，只有县级以上人民政府的分管领导才能代表同级政府行使批准权。这样，该罪对土地管理部门的负责人和直接经办人员就没有约束力。这在情理上和法理上显然都是不公平的，也不符合《刑法》的立法原意。

第四，为了准确认该罪的犯罪主体，严肃法律，分清责任，应根据具体情况区别对待。具体来说：

1、如果是徇私舞弊将基本农田改为非基本农田，耕地改为非耕地报批，骗取政府领导批准的，则应追究具体办理建设用地人员的刑事责任。如果是政府领导或土地管理部门领导徇私舞弊，授意经办人员改变土地用途报批而批准的，则应追究政府领导或土地管理部门领导的刑事责任。

2、如果是无权批准或超越批准权限而非法批准用地的，应追究有徇私舞弊行为的土地管理部门法定代表人或政府主管领导人的刑事责任。

所以，因土地管理部门的领导和具体经办人员是直接贯彻执行《土地管理法》等法律、法规的国家机关工作人员，实践中，他们一般是非法批准征用、占用土地罪的主要主体。

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