二战以后，基于对德、意、日法西斯严重侵犯和践踏人权的粗暴行径的极大愤慨，国际社会兴起一股世界性的人权保护国际化思潮。人权保护不仅成为一项基本原则，而且进入国际法领域，成为国际法的一项基本原则。作为国际法的刑法方面与国内刑法的涉外方面汇集而成的国际刑法，当然要接受人权的冲击与洗礼，其中被告人及被判刑人的权利保障尤其为人们所关注。由于国际刑事司法协助往往涉及相关人员的自由和基本权利，一些学者自然地将人权与国际刑事司法协助联系在一起。人权保护因素注入国际刑事司法协助后，所带来的冲击和影响是多方面的。如当一个人在协助请求国可能因其种族、宗教、道德信仰、政治观点等受到惩罚，可能受到酷刑或不公正审判，可能被判死刑，可能被一个特别法庭判决时或一个人可能在缺席的情况下受审判时，被请求国都可以拒绝协助请求。一事不再理原则作为与刑事程序密切相关、与人权保护密切相关的原则，也必然对国际刑事司法协助产生重大影响。

在日益高涨的人权浪潮推动下，一事不再理也因其在保障被追诉人权利方面具有特殊意义而得到进一步关注，并为许多国际性公约所确认。如1966年《公民权利和政治权利公约》第14条第7款规定：任何人已依一国法律及刑事程序被最后定罪或宣告无罪者，不得就同一罪名再予审判或者惩罚。可以认为，《公民权利和政治权利公约》已经将一事不再理原则作为刑事司法的一项基本的国际准则，国家间的国际刑事司法协助必须遵循这一原则。事实上，1990年联合国《刑事司法协助公约》第4条第1款第4项进一步强调了这一原则，即当协助请求涉及某项在被请求国进行调查或起诉的罪行，或在请求国对该罪行进行起诉将不符合被请求国一事不再理的法律时，可以拒绝协助。1998年罗马外交大会通过、2002年7月1日生效的的《国际刑事法院规约》第20条再一次重申：

(1)除本规约规定的情况外，本法院如果已经作出某人有罪或无罪的判决，不得就同一行为再行审判该人；

(2)已经被本法院判定有罪或无罪的人，不得因该罪行而再由其他法院审判；

(3)对于已经由另一法院审判的人，不受本法院审判。此外，一些地区性公约或国家之间的刑事司法协助协定，如《欧洲引渡公约》、《关于刑事诉讼移管的欧洲公约》等也有类似的规定。

应该说，既然一事不再理已经成为国际刑事领域一项普遍接受的原则，就应该将其视为国际刑事司法协助应该遵守的准则，并贯彻到国际刑事司法实践中去。然而，由于一事不再理原则负载了不同的政策功能以及各国对一事不再理原则的不同认识，在其进入国际刑法后，也引发了诸多的问题。

一是由于一事不再理概念的认识不同而带给国际刑事司法协助的障碍。对于一事不再理概念的不同认识主要集中同一行为的界定上。一事不再理原则的核心在于禁止对同一行为的两次处罚。但在刑事领域中，何为同一行为，存在明显的认识分歧。在法国，尽管理论界对同一行为的理解有分歧，但根据法国《刑事诉讼法典》第368条规定，同一行为是指相同的事实上的行为，与它们在法律上的事实无关。在美国，根据1932年布洛克伯格诉合众国一案确立的标准，一个犯罪与其低度犯罪或高度犯罪被视为同一犯罪，但当对低度犯罪或高度犯罪分开审判是由被告人的要求或其对合并审判的成功异议所引起时，双重危险条款不禁止后续的起诉；当被告人受审之后，被害人因被告人的犯罪而死亡，从而有支持指控的新证据时，控方可就较重的罪名对被告人提出控诉；或在犯罪行为同时违反了不同主权下的法律时(美国各州及联邦均享有独立的主权)，允许州或联邦分别起诉而不违反双重危险条款。因此，美国刑事诉讼中一事不再理原则中的同一行为，可以理解为基于先前审判中被判有罪的同一行为的高度犯罪或低度犯罪。由于对同一行为的理解不同，哪些情况下需适用一事不再理原则必然产生分歧，进而影响国际刑事司法协助的运行。

二是因对一事不再理原则适用范围的不同认识而带给国际刑事司法协助的障碍。引渡是一个国家应他国请求，将被指控犯有引渡之罪的逃犯或已被判决的罪犯交付该请求国以使其实现审判或执行判决的制度。引渡目前已经成为国际刑事司法协助中一种最基本的形式。随着国际形势的发展和引渡适用的增多，引渡也面临很多新情况和新问题，其中引渡过程中的人权保护尤为各国所关注，一事不再理原则也基于人权考虑而在国际刑事司法协助中具有特殊的意义。但是，各国在将一事不再理原则纳入国家间的引渡协议时，对于一事不再理原则的适用范围认识和处理不尽相同。一般来说，各国都承认当被引渡请求人在被引渡请求国已经受到指控或已经被判处刑罚时，被引渡国可以以一事不再理为由拒绝引渡。但当被引渡人不是在被引渡请求国而是在第三国或者是在引渡请求国已经受到指控或已经被判处刑罚时，可否以一事不再理为由拒绝引渡则有不同的看法。由于国际刑事司法协助不可避免地涉及多个国家，而对一事不再理原则适用的范围认识不同当然会影响到引渡的实际运行。

三是国内刑事法中对一事不再理原则的处理模式不同带给国际刑事司法协助的影响。由于各国的历史背景、法律传统及价值取向不同，一事不再理原则在各国接受的情况不尽相同，因而引入各国刑事法律的时间及立法者对此问题的看法也有差异。而在世界范围内，一事不再理则已经成为一项进行国际刑事司法协助普遍接受的原则。这样，在尚没有明确确认一事不再理原则的国家，国内立法和国际刑事司法实践之间就会出现矛盾，有违法律的统一。如从我国的刑事法律的规定来看，目前尚没有一事不再理原则的明确规定，而且我国刑法第10条规定凡在中华人民共和国领域外犯罪，依照本法应当负刑事责任的，虽然经过外国审判，仍然可以依照本法追究，但是在外国已经受过刑罚处罚的，可以免除或减轻处罚。这条规定甚至与一事不再理原则相矛盾。而在我国参与国际刑事司法协助时，则接纳了一事不再理原则，也就是在与其他国家签订的刑事司法合作条约，特别是引渡条约时，明确规定一事不再理原则的内容。如在我国同泰国、俄罗斯、白俄罗斯、罗马尼亚、保加利亚、哈萨克斯坦等国缔结的双边引渡条约中都有如果被请求国司法机关已对被请求引渡人就引渡所涉及的犯罪，作出了终审判决或终止诉讼程序，或正在对有关犯罪进行审理时，被请求国均应以此作为拒绝引渡的事由。在《中华人民共和国引渡法》第2章第1节第8条拒绝引渡的事由中，也有相似的规定。该条第2项规定了在收到引渡请求时，中华人民共和国的司法机关对于引渡请求所指的犯罪已经做出生效判决，或者已经终止刑事诉讼程序的为应当拒绝引渡的情形；第6项规定了根据中华人民共和国或者请求国法律，在收到引渡请求时，由于犯罪已过追诉时效期限或者被请求引渡人已被赦免等原因，不应当追究被引渡请求人的刑事责任的应当拒绝引渡的情形。可以说，这两项规定实际上是一事不再理原则的具体化，其表明一事不再理原则是我国参与国际刑事司法协助，与其他国家进行引渡合作时应该遵守的一项原则。这样，在我国刑事法律与引渡法之间，在我国刑事法律与刑事司法实践之间，就产生了矛盾和冲突。很显然，这种冲突和矛盾的出现与存在不利于我国法律的统一和尊严，也给法律的实际运行带来一定困难，从而影响到我国有关的国际刑事司法协助活动，引发其他国家对我国的不信任，进而影响国际刑事司法协助的正常进行。