2011年1月10日，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部联合发布的《关于办理侵犯知识产权刑事案件适用法律若干问题的意见》强调：人民法院依法受理侵犯知识产权刑事自诉案件，对于当事人因客观原因不能取得的证据，在提起自诉时能够提供有关线索，申请人民法院调取的，人民法院应当依法调取。在知识产权刑事自诉案件中，人民法院又当如何调查取证呢?笔者认为，主要有以下三种方式：

1.借用刑事侦查资源。知识产权刑事自诉案件属于《刑事诉讼法》第一百七十条规定的第二类和第三类自诉案件范围，即：人民检察院没有提起公诉，被害人有证据证明的轻微刑事案件和被害人有证据证明对被告人侵犯其人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院作出不予追究书面决定的案件。在第二类案件中，检察院没有提起公诉的案件不等于公安机关没有经过侦查，只是因证据不足或情节轻微等原因，检察院经审查后决定不提起公诉而已。在第三类案件中，因不予追究是侦查终结后作出的处理决定，故公安机关或检察院决定不予追究也必定以侦查事实的存在为前提。故自诉人提起诉讼时，可以向人民法院申请调取公安机关在侦查阶段或检察院在审查起诉阶段所获取的证据。通过借力公安机关的刑事侦查资源，来弥补自诉人举证不力和人民法院刑事取证能力不足的缺陷。

2.调用行政执法证据。我国知识产权保护实行行政执法和司法保护双轨制。随着行政程序正当性的日渐重视，行政执法程序更加规范，事实查证标准高。以工商机关处理商标侵权纠纷为例，根据《行政处罚法》的规定，工商机关调查侵权事实时要坚持全面、客观、公正的原则;而根据《商标法》的规定，工商机关在调查侵权事实时又可以行使多项行政职权，如询问当事人，查阅和复制涉案合同、发票、账簿，现场检查，查封、扣押侵权物品等。正是基于行政程序证据的高标准，《意见》对部分行政证据的采证也作了明确：行政执法部门依法收集、调取、制作的物证、书证、视听资料、检验报告、鉴定结论、勘验笔录、现场笔录，经公安机关、人民检察院审查，人民法院庭审质证确认，可以作为刑事证据使用。在刑事自诉中，对于经过行政执法程序的案件，可以由自诉人向法院申请调取相关证据。必要时，也可以由法院通知行政执法人员出庭作证。

3.运用民事取证手段。从知识产权民事、行政和刑事三类案件的内在联系来讲，知识产权犯罪是知识产权侵权的高级形态，构成知识产权犯罪只是因为某一行为对知识产权更为严重的侵害，以致被认为具有了对社会公共利益的危害性，符合了刑事法律规定的侵害程度，才进入刑法规制的领域。因此，构成知识产权刑事犯罪的前提是存在知识产权民事侵权的事实。根据举轻以明重的当然解释方法，诸如证据保全、指定鉴定、勘验物证等取证手段既然在民事诉讼中可以使用，自然完全也可以运用于知识产权刑事自诉案件之中。如侵犯计算机软件著作权案件中，自诉人应当首先举证被告人的软件与其软件在源程序方面实质性相似，但是，一般情况下，自诉人要获得被告人软件的源程序几乎不可能。在这种情况下，如果自诉人能够举证证明被告人目标程序中含有其软件的特有内容，如LOGO，或者双方软件运行界面相同，就可以认为自诉人完成了初步的举证责任。如果自诉人能够再提供被告人相关计算机的存在地等线索，人民法院可以对涉嫌侵权的软件程序进行证据保全，进而通过技术鉴定和司法审计来界定被告人罪与非罪的问题。