经济适用房和房改房都是享受国家实施的优惠措施，所用的土地都是国家以划拨方式无偿给开发商使用。但两者也有不同。

(1)产权证不同。经济适用房的房屋产权归购买者个人所有，其房屋产权证书所拥有的权利和普通商品房基本一样。而房改房产权证基本可分为两种：按成本价购买的产权证和按标准价购买的产权证。其中，成本价的产权证说明该房屋的使用、占有、处置的权利全部归产权人所有，不需经过原产权单位同意就可处置，但该房屋不能办理赠与，在收益权上受到一定的限制。按照现行的规定，成本价的产权人可选择直接上市进行交易或先将成本价房变为商品房然后再上市交易两种方式。而标准价的产权证说明该房屋的使用、占有权归产权人所有，而在处置权和收益权上就受到很大的限制了，标准价的房屋也不能赠与。产权人可以选择直接上市交易但交易后售房款在扣除税费后由产权人和原产权单位按照房屋所有权份额比例进行分成，还可以选择向原产权单位补齐标准价和成本价的差额将标准价变成成本价等拥有全部产权。

(2)房屋出售后的收益权不同。房改房上市后收益的94%归出售人所有。具体包括：房改房上市出售后，每平方米在4000元(含)以下的，全部归个人;每平方米在4000至5000元的部分，80%归个人所有，20%归原产权单位所有;每平方米5000元以上的部分，和原产权单位五五分成;买方补交3%的土地出让金。而经济适用房上市后，收益同样全部归个人所有，所不同的只是在出售时，新的购房人要按经济适用住房所在地标定地价的10%交纳土地出让金或相当于土地出让金的价款。在标定地价明确前，土地出让金或相当于土地出让金的价款暂按房屋售价的3%交纳。这样，购买人才可以按商品住宅办理产权登记。