对于认定厂房违建被强拆，可以通过以下步骤维护自身合法权益。

首先，要审查违法建筑认定的合法性，按照现行法律的规定，只能是市县人民政府的规划建设主管部门认定厂房属于违法建筑，否则就涉嫌主体不适格。

其次，要审查行政机关在认定、拆除违法建筑之前是否尽了调查义务。根据《中华人民共和国行政处罚法》第36条的规定，行政机关在认定、处理违法建筑之前应该进行调查，比如确切的违法建筑面积、建筑时间、相应证据如照片等，否则就是违法。

次之，充分利用公民陈述申辩的权利，《中华人民共和国行政处罚法》第31条、41条的规定，行政机关在处理之前应该给予公民合理的陈述、申辩的权利，否则就剥夺了公民的权利。具体在案件中，就是是否在认定、处理违法建筑前通知公民进行陈述、申辩，是否给予了合理的时间等。

最后，如果厂房以违法建筑的名义被拆除，那么针对于强拆的行为，可以通过行政复议或者行政诉讼等途径来进行救济。如果强拆行为不具备前面的合法的认定违法的依据和法定程序来进行拆除的话，那么它的这个强拆的行为可能涉嫌违法，可以通过法律途径来救济。

相关法律规定

《中华人民共和国行政强制法》

第四十四条

对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。

《中华人民共和国城乡规划法》

第六十三条城乡规划编制单位取得资质证书后，不再符合相应的资质条件的，由原发证机关责令限期改正;逾期不改正的，降低资质等级或者吊销资质证书。

第六十四条

未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设;尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款;无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

综上所述，厂房违章需要被强拆，当事人可以根据该强拆行为是否合法进行认定，即使属于违章建筑也不能随意的拆除，如果拆迁方属于非法拆迁，可以通过法律手段来维权，要求违法拆迁方受到法律的处罚。