按规定，只要你的软件享受著作权法的保护，那么后面要是没有经过你的允许，就擅自使用你的软件的，那就是在侵犯你的著作权。要是其他公司没有经过你的允许，擅自用你公司研发的盗版软件，即使他可能不是真正的盗版人，但是你依旧可以采取措施维权。

实际中，你公司自主开发的软件，要是发现被盗版了，那就可以直接找盗版人要求赔偿。要是只是发现使用盗版你们软件的公司，毕竟公司一般使用人数较多，要是使用对方的盗版软件，将给你带来较大损失，你同样可以采取措施维权。

在这件事情中，一般可以先进行公证，保全当前的证据，然后起诉赔偿。要是你损失较多的，建议还是及时委托律师代理诉讼。

在起诉维权的时候，你可以根据我国《著作权法》规定，要求对方赔偿损失。实际中，你可以先确定损失赔偿额，赔偿损失的计算方式有下面三种：

1、按照权利人的实际损失给予赔偿，你作为软件著作权的权利人，你可以按照自己的遭受的损失计算损失，一般从你自己这边找损失比较容易。

2、按照侵权人的违法所得给予赔偿，要是侵权的那方不肯给所得数额的话，或是不配合有所隐瞒的，就算你取不到证据，法院方面也会按你的要求去取证。所以，这一点你不用担心找不出证据。

3、根据“法定赔偿”给，在权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定时，也有去法院起诉的，那么法院就会根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。虽然可能很难确定实际损失或是违法所得，但是，法院只要根据具体情节，还是能够确定具体的赔偿额。

最后，一般发现一家公司使用你公司的盗版软件，为避免损失，还是要找到实际的盗版人。要是损失较大的，建议还是及时委托个专业律师参加诉讼。