一、基本规则

对于非居民企业所得税源泉扣缴，《企业所得税法》第三条第三款规定：非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。《企业所得税法》第五章源泉扣缴对第三条第三款做明确规定：第五章第三十七条对非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。

如果非居民企业在境内设立机构场所取得所得，就不适用源泉扣缴。而适用企业所得税法第三条第二款规定。

二、特例

(一)未实际支付但已计入成本、费用的利息、租金、特许权使用费

国家税务总局公告2011年第24号《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》第一条规定，中国境内企业(以下称为企业)和非居民企业签订与利息、租金、特许权使用费等所得有关的合同或协议，如果未按照合同或协议约定的日期支付上述所得款项，或者变更或修改合同或协议延期支付，但已计入企业当期成本、费用，并在企业所得税年度纳税申报中作税前扣除的，应在企业所得税年度纳税申报时按照企业所得税法有关规定代扣代缴企业所得税。

如上述非居民企业属于在境内未设立机构场所的，由该款项应支付人实行源泉扣缴。

(二)特别纳税调整未作调帐处理的

国税函[2006]901号(有效文件)一、对企业与其境外关联企业之间的业务往来转让定价调增的应纳税所得(不含利息、租金或特许权使用费等所得)，若企业未通过相应调整程序作相应账务调整的，其境外关联企业取得的超过没有关联关系所应取得的数额部分，应视同股息分配征收所得税，该股息不得享受《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》第十九条第三款第(一)项所规定的免征所得税的优惠。

视同股息分配给境外关联企业的，征收企业所得税就应实行源泉扣缴。