1、税务机关要对个人所得税申报进行纳税调整的情形包括：

（1）个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；

（2）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益等。

2、法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》

第八条有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：

(1)个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；

(2)居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家(地区)的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；

(3)个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。

税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。

一、个人所得税零税申报表怎么填

1.汇缴申报：当为汇缴申报时，直接选中；

2.所得项目：下拉选择，当为汇缴申报时，默认为“工资薪金所得”

3.所得项目子目：下拉选择；

4.所属期起：系统自动显示，可修改；

5.所属期止：系统自动显示，可修改；

6.国籍地区：下拉选择；默认为“中华人民共和国”

7.汇总人数：纳税人填写；

8.应纳税所得额(汇总)：纳税人填写。

9.税率：计税后显示，系统自动计算，不可修改。

10.速算扣除数(汇总)：计税后显示，不可修改；

11.应纳税额(汇总)：计税后显示，不可修改。

12.已申报应纳税额(汇总)：计税后显示，不可修改；

13.批准减免税额(汇总)：计税后显示，不可修改；

14.可抵缴税额(汇总)：计税后显示，不可修改；

15.应扣补(退)税额：计税后显示；

16.实缴金额总计：计税后显示。