人民法院受理行政机关申请执行其具体行政行为的案件后，应当对具体行政行为的合法性进行审查。这种审查是对具体行政行为是否合法进行的实质性审查，而非程序性审查，这就要求法院不仅要看行政机关材料是否齐全，手续是否具备，是否具备申请非诉行政案件执行的条件，还要审查具体行政行为是否有事实依据、法律依据、行政机关是否超越职权、滥用职权，是否违反法定程序。之所以作此规定的原因在于：

第一公民、法人或者其他组织在法定期间对被执行的具体行政行为不起诉，并不意味着该具体行政行为合法有效，被执行的具体行政行为仍有违法的可能性，如果人民法院不对具体行政行为的合法性进行实质性审查，一旦具体行政行为违法，人民法院强制执行就会侵害公民、法人或者其他组织的合法权益，这显然不利于保护公民、法人或其他组织的权益。虽然公民、法人或者其他组织在法定期限内没有向人民法院对被执行的具体行政行为提出诉讼，请求人民法院给予救济，但这并不意味着就应当让公民、法人或者其他组织承担违法行政行为的不利后果。要求负责执行具体行政行为的人民法院对该具体行政行为进行实质性审查，事实上是为了公民、法人或者其他组织提供一种间接的救济途径。

第二从法院角度来说，之所以将人民法院作为行政行为强制执行的主体就是为了将具体行政行为的决定权与执行权部分分离，从而避免行政机关既是决定机关又是执行机关而可能造成违法执行对被执行人的合法权益造成的侵害。人民法院对被申请执行的具体行政行为进行实质性审查就是多一道纠正错误的手续和环节，通过对行政机关的监督而起到更好地保护公民、法人或者其他组织合法权益的目的。