税款已经缴纳是否可以申报作废，需要根据具体情况来决定。提交退税申请后，在税务机关终审前可以作废申报，但是如果税务机关审核通过已经提交国库部门的，不能作废申报，只能在前次申报基础上办理更正申报。若发现申报错误需要修改，可通过更正申报进行处理。如果已经申请退税并已进入国库办理环节，这时要等国库办理结束，之后再按上述操作进行更正申报。

一、超过征期更正申报有没有滞纳金

超过征期更正申报有滞纳金。

扣缴义务人每月所扣的税款，自行申报纳税人每月应纳的税款，都应当在次月七日内缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。如果不是征期内缴税，每天均会有0.05%的滞纳金。

纳税人按照规定的期限办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表确有困难，需要延期的，应当在规定的期限内向主管税务机关提出书面延期申请，经税务机关核准，在核准的期限内办理。纳税人因不可抗力不能按期办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表的，可以延期办理。但是，应当在不可抗力情形消除后立即向税务机关报告。税务机关应当查明事实，予以核准。

根据规定，如果纳税人未在规定期限内办理纳税申报和报送纳税资料的，情节严重的，可以处2000元以上一万元以下的罚款。如果纳税人不进行纳税申报，因此造成不缴或者少缴税款的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。

二、如果你的财务报表不规范逾期申报如何缴纳罚款？

属于未按照规定的期限报送纳税资料，税务机关可以予以处罚。如果与税务机关及时进行沟通并予以纠正，税务机关一般也可以免予处罚。但是已经过期了，有可能在网上就申报不了过期那个月的财务报表了，那只能用手工填好一式两份盖章后到窗口申报，一定要补报上，不然公司的申报数据就少了这个月的，等到年底打印纸质资料上交的时候就会缺少这个月的。