税款已经缴纳是否可以申报作废，需要根据具体情况来决定。提交退税申请后，在税务机关终审前可以作废申报，但是如果税务机关审核通过已经提交国库部门的，不能作废申报，只能在前次申报基础上办理更正申报。若发现申报错误需要修改，可通过更正申报进行处理。如果已经申请退税并已进入国库办理环节，这时要等国库办理结束，之后再按上述操作进行更正申报。

如何缴纳税款

（一）、报核缴。即纳税人把已经算出的应纳税额向税务机关申报，经税务机关审批，填发缴款书，交由纳税单位向银行纳税的一种征收方式。

（二）、查定征收。即对生产不固定、账务不健全的纳税单位，由税务机关依据其生产设备、从业人员和正常条件下的生产经营情况，对其产值的应税产品查定产量和销售额（或对其经营项目查定营业额和利润额），依率计征的一种征收方式。

（三）、定期定额征收。即对一些营业额和所得收入难以准确计算的个体工商户，经过自行申报，由税务机关核定一定时期的营业额和所得税附征率，实行营业税或增值税和所得税合并征收的一种方式。

（四）、代征。即税务机关委托某些单位或个人代为征收税款的一种方式。

《中华人民共和国个人所得税法》第十四条扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。