处理农村拆迁补偿纠纷的程序是：

1、行政复议认为行政主体的具体行政行为侵犯其合法权益，应当依法向法定行政复议机关申请复议；

2、民事诉讼可以起诉民事侵权，要求停止侵权，赔偿损失，恢复原状；

3、协调裁决，由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决。

拆迁中拆迁补偿款

房屋拆迁的拆迁补偿款包括产权置换补偿款和居住区位补偿款。拆迁补偿协议经房产管理部门鉴证后，拆迁人将支付的货币补偿款的数额通知银行，银行开具货币补偿专项存款单，由拆迁人发送给被拆迁人。被拆迁人是指房屋及其附属物的所有人，法定代管人和承租人，即拆迁中所有人和使用人均能获得补偿。

1、拆除自有自住房屋的拆迁补偿款归房屋所有人。

2、拆除公有出租房屋，产权置换补偿款的20归产权人，产权置换补偿款的80以及居住区位补偿款支付给使用人。

3、拆除私有出租房屋，分两种情况。一种是租赁关系，由租赁双方自行建立的，按处理租赁关系的局面协议约定的支付方式支付拆迁补偿款，约定不成，由拆迁人用拆迁补偿款购买本市成套住宅，补偿给房屋所有人，原租赁关系继续有效。另一种是由于私房改造原因形成的租赁关系，当事人双方可以约定拆迁补偿款的分配，也可以采用拆迁补偿款买房偿还，还可以选择货币补偿，货币补偿时，产权置换补偿款支付给房屋所有人，居住区位补偿款支付给承租人。被拆迁人因住房面积过小无力购房，可以向拆迁人申请过渡房，由被拆迁人支付过渡住房入住费后，承租过渡房，租期末超过五年的，拆迁人应在被拆人搬离时支付补偿款，承租期超过五年，拆迁人只向被拆迁人支付产权置换补偿款，居住区位补偿款不再支付，支付的补偿均不计算利息。

4、被拆迁人需要以拆迁补偿款支付购房款的，应向银行提交下列文件：

（1）经鉴证过的拆迁补偿协议；

（2）经登记过的购房合同；

（3）拆迁补偿款专项凭据；

（4）房屋拆迁主管部门出具的拆迁补偿款使用通知。

银行收到以上文件后，转帐向售房人付款，以拆迁补偿款支付的房价部分，可免交契税，拆迁补偿款购房后有余额，余额不超过总额20的部分，被拆迁人可以现金提取，提取的现金依法纳税。拆迁人与被拆迁人就拆迁补偿事宜经协商达不成协议的，由批准拆迁的房屋拆迁主管部门裁决。当事人对裁决不服，可以申请行政复议，或向人民法院提起诉讼。未经行政机关裁决的，当事人也可直接向人民法院起诉，诉讼期间如拆迁人已给被拆迁人提供了周转用房的，不停止拆迁的执行。

《民事诉讼法》第一百一十九条

起诉必须符合下列条件：

（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

（二）有明确的被告；

（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；

（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。