行政诉讼中的管辖权因特殊原因不能行使，需要变更的，应当由上级人民法院指定管辖。多个人民法院对管辖权发生争议的，由争议法院共同的上级人民法院管辖。

一、指定管辖的适用情形有什么

指定管辖的适用情形有：

(一)有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权。所谓特殊原因，包括事实上和法律上的原因。事实上的原因，如有管辖权的人民法院遇到了不可抗力的事由，即地震、水灾等无法行使管辖权;法律上的原因，如受诉法院的审判人员，因当事人申请回避或者审判人员自行回避，无法组成合议庭对案件进行审理。出现上述情况之一的，应由上级人民法院在其辖区内，指定其他适宜的人民法院管辖。

(二)因管辖权发生争议，经双方协商未能解决争议所谓争议，包括相互推诿或者相互争夺。通常是因为法院之间辖区界限不明，或者对法律的规定理解不一致，也有因地方保护主义为其局部经济利益争先立案。不论属于哪种原因引起的争议，应由双方协商解决，协商不成时应报请它们的共同上级人民法院指定管辖。

二、如何处理地域管辖权异议

地域管辖权异议的处理方式是人民法院发现受理的案件不属于本院管辖的，应当移送有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。

三、申请指定管辖权什么时候会回复

目前在相关法律法规中，申请指定管辖权没有明确的法律规定回复的时限，但是接受案件的人民法院发现自己没有管辖权的时候，需要请示上级进行指定管辖，请示上级法院指定管辖后，多少天会回复并没有具体明确的法律规定，但是被请示的法院应该要尽快回复，以免超出审理期限，影响案件的审理。