关于如何在购房协议中明确相关房屋面积计算方式的问题，如是否包含公共分摊区域等方面进行协商，并作出明文规定。

首先我们需要了解什么是公共分摊面积？它包括但不仅限于以下几个方面：电梯井、管道井、楼梯间、设备间、保安室、变电室、过道走廊、公共门厅、垃圾道、共享墙体以及整栋楼的服务性公共用房和管理用房。这些都是整栋楼的业主们共同拥有的公用部分的建筑面积，通常以水平投影面积来计算，它与套内建筑面积的总和构成了商品房的建筑面积。

接下来，我们来探讨一下商铺公摊面积的国家标准。

根据相关法律法规，商铺公摊面积的国家标准主要包括以下几点：

1．如果楼梯已经被计算为建筑面积，那么其下方的空间无论是否得到充分利用都将不再被视为建筑面积；

2．对于临街楼房或者挑廊下的底层作为公共道路街巷通行的情况，无论它们是否有柱子支撑、是否有维护结构，都不会被计算为建筑面积；

3．对于二层及以上的房屋建筑面积，应按照《房产测量规范》中的相关规定，即多层房屋建筑面积的计算方法来执行；

4．对于那些与室内不相通的类似于阳台、挑廊、檐廊的建筑，也不会被计算为建筑面积。

《商品房销售管理办法》第二十一条按建筑面积计价的，当事人应当在合同中约定套内建筑面积和分摊的共有建筑面积，并约定建筑面积不变而套内建筑面积发生误差以及建筑面积与套内建筑面积均发生误差时的处理方式。第十八条商品房销售可以按套（单元）计价，也可以按套内建筑面积或者建筑面积计价。商品房建筑面积由套内建筑面积和分摊的共有建筑面积组成，套内建筑面积部分为独立产权，分摊的共有建筑面积部分为共有产权，买受人按照法律、法规的规定对其享有权利，承担责任。按套（单元）计价或者按套内建筑面积计价的，商品房买卖合同中应当注明建筑面积和分摊的共有建筑面积。