环境保护行政执法工作中有法不依、执法不严、违法不究的问题存在，严重地制约了环境保护行政执法工作的开展。因此有必要对环境保护行政执法过程中存在的问题从法律层面作出剖析并找出相应对策以适应时代的需要。环境保护行政执法的具体行为方式主要有四种:第一、行政检查、监督。即环境保护行政主管机关在职责权限范围内，对行政管理相对人贯彻落实法规情况进行检查、监督，督促他们自觉遵守法规，正当行使权利和履行义务。第二、行政许可和行政审批。即环境保护行政主管机关赋予行政管理相对人某种权利，准予从事某方面活动(如在管理范围内修建建筑物)的行政行为。第三、行政处罚。指环境保护行政主管机关依法对违反法律法规应受惩罚的行政管理查对人给予的行政制裁。第四、行政强制执行。指行政主管机关在作出行政处理和行政处罚决定，对行政管理相对人科以义务后，行政管理相对人逾期不起诉又不履行义务时，环境保护行政主管机关依法采取强制措施迫使其履行义务或达到履行义务相对的状态（如吊销许可证）。一行政执法中存在的问题第一、在作出具体行政行为时遗漏行政相对人。环境保护行政机关在作出行政行为时遗漏主体，没有把行政管理相对人全部列出，而仅列了一部份，损害其它共有人的合法权益。放纵遗漏主体继续违法，执法的公正性受到老百姓责问。同时也是违法事实没有查清的一种情形。第二、错列行政管理相对人。环境保护行政机关作出具体行政行为时依法应该针对的是行政管理相对人，而实施行政行为时列写的行政管理相对人却出现了错误，是与行政管理相对人有一定关系的人或其它。为企业或者个体经营业主（老板）打工的人经常被错列为被处罚人，处罚个体工商户和独资个人企业时，将其字号和独资企业作为被处罚人，企业主和个体工商户个人作为法定代表人，而没有处罚个体工商户本人和独资个人企业主，违法的个人不承担法律责任。从而放纵了违法的个人。第三、环境保护行政执法主体错误。在委托执法中，实施行政行为的责任机关依法应该是委托机关，而在作出具体行政行为时却是被委托的行政主体的名义实施行政行为。第四、执法程序不规范甚至违法。环境保护行政机关查处案件中，大部分人员因为法律意识差，法律、法规知识相对欠缺。因此不重视履行必要的处理手续，随意简化执法程序。立案审批、决定审批、重大事项集体讨论等内部程序流于形式或者没有，调查具体内容不清，缺少必需的案件调查笔录和违法事实的证据，环境监测数据不依法取样和告知，不告知当事人的陈述申辩和听证的权力等问题，法律文书没有依法送达，法律文书没有认定的事实。执法人员执法时不出示证件，执法方法简单，在执法人员中普遍存在着一种管你没商量”的执法态度，执法时不论大事小事，先开罚单，拿钱走人，缺乏对违法当事人的说服教育。第五、滥用自由裁量权。法律法规授予环保行政执法人员自由裁量权，是为了让行政执法人员更灵活有效地贯彻执行法律法规，以便在实施行政处罚时收到事半功倍的效果。但是某些行政执法人员在使用自由裁量权时，却丧失了合理公正的原则，使自由裁量权的实施偏离法的目的，变成了滥用自由裁量权。按照单位负责人事先的交待，或处理的行政管理相对人是自己的亲朋好友，根据需要给予的处罚，如有可能，则不立案不处罚或者最高额处罚；接受了行政管理相对人的宴请，或者收受了相对人的礼物，本该重罚的轻罚，本该处罚的不罚，以管理相对人的态度好坏决定处罚，特别是行政相对人为自己的行为申辩时，还加重处罚。第六、适用法律不准确、适用法律错误或者没有法律依据。因为案件事实和证据存在问题，容易造成适用法律错误。适用法律是有严格条件限制的，只有符合该法特定条款的全部要件时，才能适用该法条处理。环境保护行政执法人员往往出现这样的问题，一违法行为应当受一法特定条款的处罚，在没有收集主要证据的情况下就直接适用了该法条，或者是收集了部分证据符合该法条规定的一个要件，就适用了该法条，实际上应当适用他法才是正确的。另外执法时适用的法律与其他法律、法规相抵触的情况也时有发生。如向从事餐饮业的个体工商户征收排污费应当依据国务院《排污费征收使用管理条例》的规定征收，但因国家排污费征收标准未作规定的，省、自治区、自辖市人民政府可以制定地方排污费征收标准，在省、自治区、自辖市人民政府未制定地方排污费征收标准的情况下，向该个体工商户征收了排污费，没有法律依据。