企业的违章建筑在拆迁时没有补偿，但其建筑材料等属于合法财产，在法律保护范围内。在违法拆迁补偿问题上，要区分建筑与建筑使用材料、建筑物内合法土地使用权、建筑范围、建筑物与建筑物内财产、拆迁补偿、拆迁补助等，拆迁补偿和拆迁补偿等在拆迁补偿中，应注意区分违法建筑与施工中使用的材料。按照规定，拆除超过批准期限的违法建筑和临时建筑不予补偿；拆除不超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。

南京企业厂房拆迁补偿标准

南京企业厂房拆迁补偿标准主要有：1、厂房地上物的损失，包括房屋、机器设备等固定资产；2、工厂停产停业的损失，也可以包括预期经营损失；3、拆迁补偿费用，搬迁的费用和物资的运输等；4、工厂解聘员工的安置补偿费用

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十四条市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。

市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。