商铺使用权40年到期后应该根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。商业用地全国统一执行的土地使用年限为40年，届满时可以提前一年提出续期申请。

一、到2035年土地使用权到期

土地使用权到2035年到期可以根据当时的地价水平补缴土地出让金，再次申请土地使用权。住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。土地使用到期可以提前一年提出续期申请补交土地出让金，再次申请的期限应当不超过30年。

二、出让土地使用权年限期间怎么规定的？

土地使用权年限届满时，土地使用者可以申请续期，具体由出让方和受让方在签订合同时确定。应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。经批准准予续期的，应当重新签订土地使用权出让合同，依照规定支付土地使用权出让金。土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者未申请续期或者虽申请续期但依照前款规定未获批准的，土地使用权由国家无偿收回。

三、国有土地工业和商业的区别

1、土地用途性质不同

商业用地的用地性质是用于建设商业用房屋，工业用地指工矿企业的生产车间、库房及其附属设施等用地，包括专用的铁路、码头和道路等用地。

2、土地使用年限不同

根据我国商业用地最高使用年限为40年，工业用地最高使用年限为50年。

3、地价不同

通常来说，当地政府为了招商引资，带动当地经济发展和就业，会适当控制工业用地价格。商业用地价格远高于工业用地价格。