根据税务部门的最新规定，转制科研机构在减免税期间，主管税务机关要对转制企业享受优惠政策的股权比例进行年检核实，达不到规定比例的，将从当年起被取消享受减免税优惠。

根据《国家税务总局关于转制科研机构享受企业所得税优惠政策问题的补充通知》，科研机构联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，科研机构在转制企业中股权比例达到50%的，方可按政策规定期限免征企业所得税。

此外，科研机构在转制企业中无形资产的价值所占股权比例低于20%的，据实计算控股比例；无形资产股权比例超过20%的，其超过部分不作为计算减免税的股权。