1、扣减工程质保金的方式有：

(一)最后一次付款时扣除质保金；

(二)每次付款时扣除应付款金额乘以质保金的比例；

(三)工程开始或结束时单独收取质保金。

2、法律依据：《建设工程质量保证金管理暂行办法》

第二条，办法所称建设工程质量保证金(以下简称保证金)是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。

第七条

包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。

一、工程质保金的新规定的变化有哪些

1、首次明确缺陷责任最长不超过2年缺陷责任期直接关系到工程质量保证金的返还时间，关系承包人切身利益。实践中，发包人经常有意或无意将工程质量保修期与工程质保金的返还挂钩，要求在工程质量保修期满后，方可返还质保金。但根据《建筑工程质量管理条例》规定，基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程的最低质量保修期限为设计文件规定的该工程的合理使用年限。因此，如果按照发包人的要求，那么质保金就要等到工程寿命结束才能收回，这显然是对承包人不公平的，由此也造成了大量的质保金返还争议。

2、已缴纳履约保证金，不得同时预留工程质保金其中，关于已缴纳履约保证金，不得同时预留工程质保金的规定，最先出自《清理保证金通知》；已采用其他保证方式，不得再预留保证金的规定，系之前《老办法》的原文规定。