处理农村承包合同纠纷，应当由农村基层组织以及承包合同管理部门进行调解。调解不成的，可以向人民法院起诉。

一、工程承包合同纠纷如何处理?

1）可以和解或调解，发生建设工程承包合同争议时，当事人可以自行协商和解，或者通过第三者进行调解；

2）建设工程承包合同当事人如果不愿意和解、调解，或者和解、调解不成功，可以根据达成的仲裁协议，将合同争议提交仲裁机构仲裁。仲裁具有办案迅速、程序简便的特点和优点，而且进入仲裁程序以后，仍然采取仲裁与调解相结合的方法，先调解，后仲裁，首先着力于以调解方式解决。经调解成功达成协议后，仲裁庭即制作调解书或者根据协议的结果制作裁决书，调解书和裁决书都具有法律效力；

3）如果建设工程承包合同当事人没有在合同中订立仲裁条款，发生争议后也没有达成书面的仲裁协议，或者达成的仲裁协议无效，合同的任何一方当事人，包括涉外合同的当事人，都可向人民法院提起诉讼。

二、荒山承包合同纠纷如何处理?

荒山承包合同纠纷的处理方式：

1、荒山承包合同双方当事人可以协商处理；

2、荒山承包合同双方当事人可以请求人民调解委员会或者村民自治组织等调解处理；

3、荒山承包合同双方当事人可以申请约定的仲裁机构进行仲裁处理；

4、荒山承包合同双方当事人可以诉讼处理。

三、监理工程合同纠纷如何处理

处理工程监理合同纠纷的方式是，有约定的按约定；没有约定的，协议优先；协商不成的申请基层组织进行调解；调解不成的可以向法院起诉；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。法律其他规定等。