1、分公司不具备独立法人资格，其所有对外的债权债务均应由总公司承担。但一般分公司都是相对独立开展业务，在注销时应由总公司对其进行清算，并接收其资产、债权和未了结的债务。通过清算形成清算报表，确认盈亏，并报当地主管税务机关认可，总公司据此作相应的账务处理。

2、总公司按合并报表的方式，以其净资产(亏损额)与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。

一、分公司注销登记需要提交什么材料

(1)公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》；

(2)公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。

(3)公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。

(4)分公司的《营业执照》正、副本。

(5)分公司完税证明。您所说的“税务系统中好象还处于非正常状态”如是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。

(6)分公司如单独开设有银行账户的，还需提交银行清户证明。

(7)分公司公章。