1.对职务犯罪的立案监督缺乏有效性。与普通刑事案件的发生具有相对公开性、明显的社会危害性不同，检察机关自行立案侦查的职务犯罪案件知悉范围小，与之相匹配的是对侦查行为缺乏相应的监督。在司法实践中，还存在改变案件性质立案进行恶意管辖现象。

2.对职务犯罪侦查强制措施缺乏有效审查和监督。对职务犯罪嫌疑人采取的强制措施，尤其是涉及限制人身自由的刑事拘留、逮捕等，由检察机关自行决定。部分侦查人员在实际办案中打擦边球，以刑事拘留、逮捕或监视居住、取保候审等措施作为延长讯问时间，突破嫌疑人口供的破案工具和手段，甚至导致变相超期羁押、刑讯逼供等现象的发生。

3.对职务犯罪案件多从追诉角度着手，未能注意维护被告人利益。如对于犯罪嫌疑人或证人的合理辩解，往往认为是翻供翻证，甚至由原侦查人员出面阻止口供变化，使公诉部门不能从中立角度甄别供述或证言的真假，防止冤错案的发生。不管是审查决定逮捕或是审查提起公诉程序的设置，在刑事诉讼的进程中应该是起到一种甄别、障碍、阻挡，而不应该是一种针对犯罪嫌疑人或当事人的合力。在审查起诉阶段，对于自侦案件侦查活动中发生的刑讯逼供及非法证据获取，同其他侦查机关侦查的案件审查相比较，也就更难达到公正审查及排除非法证据的目的。