被告申请笔迹鉴定原告不同意的法官应该认定被告对这份证据的主张成立。对于被告申请的有关字迹（笔迹）鉴定，如果申请鉴定的内容是该笔迹是否是由原告书写而成，而被原告拒绝配合的，可根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》的规定，由法院作出对原告不利的认定，依法认定被告对这份证据的主张成立。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条，有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。

申请笔迹鉴定程序有什么？

在举证期前向法院提起申请，申请方需提供鉴定的检材及对比样本（需经对方质证），双方协商选定或摇号选定鉴定机构鉴定即可。具体程序如下：

1、由一方当事人在举证期前向法院提起申请；

2、经过双方当事人质证，确定提供鉴定的样本；

3、由双方协商选定或摇号选定鉴定机构；

4、鉴定机构接收后鉴定申诉后，凭借自己专业技术及依法做出鉴定意见；

5、双方当事收到鉴定意见后对鉴定结论有异议的，还可以申请重新鉴定。

注意：申请笔迹鉴定并不一定需要当事人双方都同意。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》：

第七十六条

当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。

当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。

综合上面所说的，笔迹鉴定一般是必须要由当事人提供字迹的原件鉴定部门人员才能鉴定，对于鉴定笔迹的时间虽说是可以鉴定出来，但对于所形成的时间就会有所区别，一般越早鉴定所出来的结果就会更确切，所以，在处理的时候就一定要按规定的流程来进行办理，从而才能保障到自己的权益。