用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。

一、在哪个部门申请工伤认定

统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。工伤申报流程：

1、职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报劳动保障行政部门同意，申请时限可以适当延长（应当由省级劳动保障行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级劳动保障行政部门办理。用人单位未在规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担）。

2、用人单位未按上述规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。

3、劳动保障行政部门受理工伤认定申请后，根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。职业病诊断和诊断争议的鉴定，依照职业病防治法的有关规定执行。对依法取得职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书的，劳动保障行政部门不再进行调查核实。职工或者其直系亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。

4、劳动保障行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其直系亲属和该职工所在单位。劳动保障行政部门工作人员与工伤认定申请人有利害关系的，应当回避。

二、农民工右脚大母趾骨骨折可以做工伤等级鉴定吗?

可以的。职工发生工伤，经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，用人单位应当向劳动能力鉴定委员会申请劳动能力鉴定。

工伤认定作出且职工所受伤害被认定为工伤后，受伤职工或其亲属才可直接向劳动能力鉴定委员会申请劳动能力鉴定。

受伤者对劳动能力鉴定不服的(指认为劳动能力伤残等级过低)，可向省级劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定，注意必须在收到初次鉴定之日起15天内提出。

职工发生事故伤害的，所在单位应当自事故伤害发生之日起30天内向劳动部门提出工伤认定申请。

用人单位拒绝为受伤害职工申请工伤认定的，受伤职工或其直系亲属可以直接向劳动部门提出工伤认定申请，注意必须在伤害发生之日起1年内提出。

受伤职工或亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位负举证责任。

三、工资纠纷举证费谁负责

根据我国的有关司法解释，举证责任应该由用人单位来承担。我国《工资支付暂行规定》规定：用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。这就是说，用人单位应当保留向劳动者支付工资的资料至少要达到两年。而《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》规定：有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。所以，对是否支付(加班)工资的劳动争议应该由用人单位承担举证责任。