一、主合同履行完毕的纠纷怎么处理

主合同履行完毕后产生纠纷的，当事人可以协商处理，如果协商不成的，可以向人民法院起诉。

《中华人民共和国民法典》

第五百五十八条【债权债务终止后的义务】债权债务终止后，当事人应当遵循诚信等原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等义务。

《中华人民共和国民事诉讼法》

第三条适用范围

人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。

二、终止效果是否具有溯及力问题

合同终止的溯及力，是指合同在合意终止(协议终止)或法定终止时是溯及合同自成立之时还是自合同终止之时向将来消灭合同效力。

合同终止使基于合同发生的权利义务关系溯及既往地消灭，合同如同自始没有成立，财产的交付失去依据，要发生恢复原状的法律后果，则称之为合同终止有溯及力;合同终止使基于合同发生的权利义务关系只向将来消灭，合同终止以前双方当事人的权利义务关系仍然有效，当事人对已经履行的部分不负恢复原状的义务，则称之为合同终止无溯及力。

对合同终止是否具有溯及力，学界依然有争议，但主流的观点认为，合同终止是否有溯及力，不论一概而论，需根据具体情况确定。