不会导致独立保函的无效，独立保函属于担保从属性的例外。

一、部分条款无效整个协议还有效么

通常情况下部分条款无效不会导致整个协议无效。

一般经过双方协商一致后，合同更改后仍可继续完全生效。如协商不一致，则仅部分条款无效。部分条款可以作为相对独立的组成部分，其无效后有法律规定的按照法律规定履行，没有法律规定的按照行业惯例履行。

但是三个例外情况如下：

1。部分条款违反了国家安全，或泄露国家机密等等的话，合同无效。

2。部分条款属于合同八个主要条款如当事人姓名住所、标的数量质量等之一。

3。合同订立时，当事人一方被胁迫，在非自愿情况下签订合同的。

符合以上三点，合同自始无效。

二、如何办理履约保函

申请人需填写开立保函申请书并签章。提交保函的背景资料，包括合同、有关部门的批准文件等。提供相关的保函格式并加盖公章。提供企业近期财务报表和其它有关证明文件。落实银行接受的担保，包括缴纳保证金、质押、抵押或第三者信用保等。

三、担保合同的分类与特征

担保合同有下列特征：1.具有从属性，是指担保合同的成立和存在必须以一定的合同关系的存在为前提。2.具有补充性，是指合同债权人所享有的担保权或者担保利益。3.具有相对独立性，是指担保合同尽管属于从合同，但也具有相对独立的地位，即担保合同能够相对独立于被担保的合同债权而发生或者存在。担保合同的分类包括：一般担保和连带担保；人保、物保、金钱保；法定担保和约定担保；原担保与反担保。