补充协议与原合同发生冲突时，以补充协议的内容为准。根据《中华人民共和国民法典》规定，当事人应当按照约定全面履行义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。履行合同时，当事人应避免浪费资源，污染环境，破坏生态。合同生效后，当事人对质量、价格或者报酬、履行地点没有约定或者约定不明确的，可以补充协议；不能达成补充协议的，按照合同的有关规定或者交易习惯确定。

补充协议与原合同关系

补充协议与原合同关系是主从关系。补充协议是通过协议方式补充原合同中存在的漏洞或没有进行约定的内容。已经存在的合同是主合同，补充协议是从合同。

《中华人民共和国民法典》第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。第五百四十四条当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

《中华人民共和国民法典》第五百零九条当事人应当按照约定全面履行自己的义务。

当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。

当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。