补充协议与原合同冲突时以补充协议为准。补充协议是在合同生效后，当事人对没有约定或者约定不明确的事项而达成的协议。补充协议是对原合同内容的补充，具有优先性。

一、补充协议是否单独有效

补充协议单独有效。签订合同之后，发现内容还需补充的，经合同各方协商一致，可以拟定补充协议。

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，若补充协议条款与原合同不一致或者发生冲突时，应当以补充协议为准；但若原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款变更则不发生法律效力。

二、补充协议是否有法律效力

签订合同后，发现有些事项协议不完善，往往会签订补充合同，补充协议是否有效，不能一概而论，具体情况如下：

1、如果能从补充协议的内容中确定合同主体及相关权利义务，补充合同是独立有效的合同，而不是原合同，因此，即使主合同无效或被撤销，补充协议的效力也不受影响；

2、补充协议内容不独立的，必须结合原合同内容确定合同主体和双方的权利义务，补充合同实际上是原合同，原合同有效，补充协议有效；原合同无效，补充协议无效；

3、补充协议在补充协议与原合同内容相互矛盾或不一致的情况，如果原合同和补充合同没有明确约定两份合同之间的矛盾或不一致，则必须以哪份合同的内容为准，补充协议的时间一般在之后，以补充协议为准。

三、合同不签订日期的后果是什么

合同不签订日期一般不会导致合同无效，但会影响合同的履行。因此，当事人可以就此日期签订补充协议，补充确定该日期，使合同能够顺利履行；不能达成补充协议的，可以按照有关规定确定日期。合同生效后，当事人对质量、价格或者报酬、履行地点没有约定或者约定不明确的，可以补充协议；不能达成补充协议的，按照合同的有关规定或者交易习惯确定。