《企业所得税法实施条例》第二十八条规定：企业的不征税收入用于支出形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。

国税发〔2008〕116号文件第八条规定，法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。

根据上述文件规定，同时从A107014《研发费用加计扣除优惠明细表》中第11列“减：作为不征税收入处理的财政性资金用于研发的部分”填报说明看出，不征税收入处理的财政性资金用于研发的部分不允许加计扣除。企业在实务操作中一定进行判断，尽量利益最大化。

【例】财税[2012]27号文件第五条规定，符合条件的软件企业按照《财政部国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》(财税[2011]100号)规定取得的即征即退增值税款，由企业专项用于软件产品研发和扩大再生产并单独进行核算，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。将即征即退增值税款作为不征税收入，同时“专项用于软件产品研发和扩大再生产”的支出也不能税前扣除，但“专项用于软件产品研发和扩大再生产”的支出，从用处来看，大部分属于可加计扣除的研发费范围，如此就不能在税前加计扣除，所以企业要进行衡量，是否将即征即退增值税款作为不征税收入。

如果不作为不征税收入，建议企业考虑以不能满足财税[2011]70号文件规定“企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算”这一条件为由而不能享受“不征税收入”，不建议放弃“不征税收入”。