农村自建房拆迁也应该是有房产证的，不过，绝大多数的村民都只有集体土地使用证，没有办理房产证，所以，如果普遍都是这种情况的话，当地政府部门还是会按照制定好的政策依法补偿的。

根据我国相关法律法规的规定，房屋拆迁的程序主要有：

1、调查核实。拆迁人收到征地批文后，首先要到派出所、房管站抄录征地范围内的常住人口，以及全部房产情况，按表格逐一登记，并上门大量核实。

2、逐户走访。拆迁人应成立拆迁小组，对所有的被拆迁人逐户走访，全面进行宣传接触，了解被拆迁人的拆迁安置愿望。

3、编制拆迁计划。根据调查核实的情况以及国家、地方有关拆迁的法律规定，及时编制拆迁计划和拆迁方案，确定拆迁时间、拆迁步骤和拆迁形式。

4、申请拆迁。拆迁人持有关的国家批文、拆迁计划和拆迁方案，向当地拆迁主管部门提出申请。经申查批准并领到拆迁许可证后，方可进行拆迁。

5、发出拆迁公告。拆迁许可证一经批准发放，拆迁主管机关应将拆迁人、拆迁范围、拆迁期限等以公告或其他形式予以公布，同时应作好房屋拆迁的宣传、解释工作。

6、签订协议。在公告规定的时限内，拆迁人与被拆迁人应按国家和本地区关于安置、补偿的有关规定在自愿、有偿的基础上签订协议书。协议应明确补偿办法和数额、安置面积和地点、搬迁过渡方式和时限以及违约责任等。协议经双方同意，可送拆迁主管机关备案和公证机关公证。

7、实施拆迁。被拆迁人搬迁后，拆迁人应及时在批准的拆迁范围和期限内实施拆迁。

一、拆迁补偿安置合同应该注意哪些事项

根据《城市房屋拆迁管理条例》的有关规定，必须遵照以下程序进行。

1、提出拆迁申请，领取拆迁许可证。

需要拆迁的单位，应当将建设项目批准文件、建设用地规划许可证，国有土地使用权批准文件、拆迁方案、拆迁补偿安置资金落实证明向房屋所在地的县以上人民政府拆迁主管部门提出拆迁申请。经审核后发放房屋拆迁许可证。必须向被拆迁人出示房屋拆迁许可证。

2、发布拆迁公告。拆迁单位领取拆迁许可证后，应及时向拆迁范围内的被拆迁人宣告拆迁决定、发布拆迁公告。公告内容有拆迁人、拆迁范围、拆迁期限等。

3、签订拆迁补偿安置合同。在拆迁公告规定的拆迁期限内，拆迁人应当与被拆迁人在自愿有偿的基础上就拆迁安置有关事宜进行平等协商，签订合同。

4、房屋拆迁的实施。被拆迁人应在公告规定的时限内自行搬迁，拒不搬迁的，拆迁人可以申请强制搬迁。强制搬迁后，拆迁人应向被拆迁人出具搬迁验收单，然后组织对房屋拆除。