没有宅基地在耕地上建的房子，不能确权。农村建房要尽量使用原有的宅基地和村内空闲地，不能占用基本农田，不得不占用一般耕地建房的，要办理农用地转用手续。而且像在一级水源保护区、历史文化保护区等地建房也是不允许的。如果属于违法建房，那肯定是不能确权登记的，房屋还可能被强拆。

《中华人民共和国土地管理法》第七十五条占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房等破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。