一、合同的有效性问题工程款的取得首先要解决合同的有效性问题，由于目前建筑市场中普遍存在挂靠、借用资质的现象，因此这些都会导致施工合同的无效，贵公司作为施工单位，还有就是是否存在转包、违法分包的情况，这些都会导致合同本身的无效，但是即使存在合同无效，如果建设单位没有提出合同无效的抗辩或者工程质量合格，你还是可以参照施工合同取得工程价款。

二、合同的相对行问题由于目前挂靠、借用资质以及转包情况较多，如果你们要提出工程款请求，必须和业主存在直接的合同关系或者有有效的授权委托，否则业主有权拒绝付款。

三、工程结算方式及数额的问题程款结算是施工企业工程款清欠的核心环节，也是发承包双方的争议焦点。施工合同价款确定有三种方式，即固定价格合同、可调价格合同和成本加酬金合同。不知道你们的合同属于何种情况，根据我的经验，目前较多使用的是采用可调价格合同。如果是这类合同，就存在工程结算数额特别是工程洽商变更确定的问题，如果双方对于工程结算已经有文件则按照该文件执行，如果存在争议则可申请司法鉴定，按照鉴定结果给付款项。

四、开发商业主违约导致的违约责任问题如果双方合同对此没有特别规定，那么对于拖欠的工程款可以按照同期同类贷款利率计息。工程款拖欠利息从应付工程款之日开始计算，当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：

(一)建设工程已实际交付的，为交付之日；

(二)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；

(三)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。五、诉讼时效问题工程款超过诉讼时效，施工企业将丧失胜诉权，对方可以此为由拒付工程款。工程款追索的诉讼时效一般为2年，从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。如果主张预付款或进度款，则从合同约定的应付款之日起算；如果主张结算款，则从结算完成后的约定付款之日起算。工程款追索的诉讼时效为2年，这是一般原则，特殊情况下诉讼时效可以延长。六、对于施工单位的特殊保护问题建设工程价款优受偿权从竣工之日(已完工工程)或约定竣工之日(在建工程烂尾)起必须在6个月内行使，且不得对抗已付清大部分房款的消费者。因此，当发包方出现财务危机，诉讼难以避免时，施工企业应当在竣工后6个月内及早向发包方催促工程款，否则过了6个月以后，工程款优先于银行抵押权的权利就不复存在，施工企业很有可能打赢了官司拿不到钱。