一、合同保证金能否在货款中扣除

《民法典》规定，借款的利息不得预先在本金中扣除，所以借款合同约定保证金的，保证金不能在借款中扣除。

《中华人民共和国民法典》第六百七十条

借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。

二、借款合同的担保方式有哪些

1.保证。保证是指保证人与贷款人约定，当借款人不履行债务时，保证人按照约定履行债务、承担责任的行为。

保证的方式主要有两种，

一是连带责任保证，即贷款人和保证人约定，借款人在借款期限届满没有履行债务的，贷款人可以要求借款人履行债务，也可以要求保证人在其保证范围内承担保证责任。

二是一般保证，即贷款人和保证人约定，在借款人经审判或者仲裁，并就借款人财产强制执行仍不能履行债务时，保证人承担保证责任。

2.抵押。是指借款人或者第三人不转移法律规定的财产的占有，将该财产作为债权的担保。在借款人不履行债务时，贷款人有权依法将该财产折价或者以拍卖、变卖该财产的价款优先受偿。抵押物的范围应当是依法可以转让的财产，抵押合同应当办理登记，抵押合同自登记之日起生效。

3.质押。包括动产质押和权利质押。动产质押是指借款人或者第三人将其动产移交贷款人占有，以该财产作为债权的担保，借款人不履行债务时，贷款人有权以该动产折价或者以拍卖、变卖的价款优先受偿。权利质押是指转让所有权以外的财产权作为质押的担保方式。以下权利可以设定质押：汇票、支票、本票、债券、存款单、仓单、提单;依法可以转让的股份、股票;依法可以转让的商标专用权、专利权、著作权中的财产权等权利。