在离婚纠纷中涉及到房产证分额为99％与1％的问题，夫妻双方应首先自行协商解决。

如若协商无果，便应该交由当地人民法院根据财产状况的具体事实，着重顾及子女权益以及女性利益的原则进行判定。

倘若双方事先有过约定按房产证所标记的比例来划分共同房产，那么必须遵照协议的规定予以执行。

《民法典》第一千零六十五条

男女双方可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。没有约定或者约定不明确的，适用本法第一千零六十二条、第一千零六十三条的规定。

夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有法律约束力。

夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产约定归各自所有，夫或者妻一方对外所负的债务，相对人知道该约定的，以夫或者妻一方的个人财产清偿。