改变土地用途的处罚标准：

1、以牟利为目的，违反土地管理法规，非法转让、转让土地使用权，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法转让、转让土地使用权价值5％以上20％以下的罚款；

2、情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处非法转让、转让土地使用权价值5％以上20％以下的罚款；

3、擅自改变建设用地使用的，依法收回国有土地使用权当事人拒不交出土地的，暂时不归还的，或者拒不归还国有土地使用权的，由县级以上人民政府主管部门责令偿还国有土地。

以协议方式拿到土地使用权后如果想改变土地用途怎么办？

以协议出让方式取得国有土地使用权的土地使用者，需要将土地使用权出让合同约定的土地用途改变为商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用途的，应当取得出让方和市、县人民政府城市规划部门的同意，签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同，按变更后的土地用途，以变更时的土地市场价格补交相应的土地使用权出让金，并依法办理土地使用权变更登记手续。

由此可见，相对于拍卖、招标等方式出让土地使用权，以协议方式拿到土地使用权的情况并不多。符合城市土地使用权采用协议出让方式的有大致五种，包括非经营性用地只有一个意向用地者的、划拨土地使用人出让的、出让土地使用权人申请续期的等等。协议出让土地使用权的价格由政府部门集中决策，确定出让底价。

《中华人民共和国土地管理法》第五十六条建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地；确需改变该幅土地建设用途的，应当经有关人民政府自然资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。其中，在城市规划区内改变土地用途的，在报批前，应当先经有关城市规划行政主管部门同意。