一、停止侵占房屋是否有诉讼时效

《民法典》第二百零九条规定：不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。

民法上对债权人保护权利的时间做了限制，也就是诉讼时效制度。当债权人的权利被侵害时，在两年的诉讼时效期内，如果权利人不行使诉讼权利就会丧失胜诉权。同时，民法上还规定了除权期间，也就是特定情况下请求司法保护自己权利的时间，一般请求权的期间是一年。如《民法典》规定的无效合同撤销权或变更权等。

二、相关规定

《民法典》第四百六十二条规定：占有的不动产或者动产被侵占的，占有人有权请求返还原物;对妨害占有的行为，占有人有权请求排除妨害或者消除危险;因侵占或者妨害造成损害的，占有人有权请求损害赔偿。占有人返还原物的请求权，自侵占发生之日起一年内未行使的，该请求权消灭。

这里我们看到《民法典》上的物权合法占有人，遇到占有物(动产和不动产)被人侵占时，占有人应当在一年内行使请求权，要求返还原物。否则，占有人便会丧失对原物占有权。这里假如原物时动产时，我们很容易理解一件物品被别人无代价的侵占，占有人可以依法在一年内要求侵权人返还原物或者赔偿原物损失。但是，当原物是不动产时，是否也意味着占有人因一年内不行使对侵权人的请求权，侵权人就依法获取了非法占有物的占有权呢?

我们知道不动产多以土地和房产、矿产资源形式存在。土地和矿产资源多以国家所有，房产多数是个人物权。假如一个企业的土地使用权被其他企业非法占有了，这个企业应当在一年内行使返还请求权。否则，一年后便会丧失返还原物的请求权。在此是否意味着非法占有人在一年后取得了占有物合法权呢?

我们知道土地使用权也是经过严格的登记制度才能发生转移的。还有矿产资源的开采经营权也一样，不会因为非合法占有人长时间占有而自动获取占有物的使用权或经营权。对于不及时行使占有权的原物占有人是否因此自然丧失了合法的占有权呢?这样的理解与土地使用权登记转移制度，和矿产资源开采权登记转移制度不相符合。

如何正确理解《民法典》不动产和动产合法占有人、权利被侵犯时一年期限的请求权呢?对于动产权属的转移我们容易理解。多数动产只要交付就可以证明获取了动产权利。当然有些动产需要变更登记方能取得动产所有权，如机动车。在此，特殊物权的登记制度与物权占有请求权时效制度、存在的矛盾是显而易见的。为了更好的贯彻执行《民法典》，保障物权所有人和合法占有人法律权益，应当依法对占有人返还原物请求权的时效做出明确的法律解释或实施条例。