股权转让合同争议中，若是一方未支付股权款，而公司已经变更公司章程、股东名册以及签发了出资证明书，此时股权已经成为受让人所有。根据相关法律规定，公司登记并不能确认股东的资格。

一、个人独资公司可以转让股权吗

个人独资有限公司是可以依法转让股权的。根据相关规定，有限公司的股东对外转让股权应当符合公司章程的规定，股权转让后，公司应当向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。

二、内部股权转让的程序是什么

内部股权转让的程序如下：

一、审查公司章程对此是否有特殊规定，有特殊规定的，按照公司章程的规定进行转让。

二、没有特殊规定的，股东之间进行转让即可。

三、办理股权变更登记。公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。

三、如何核算和确认公司的股权转让收入

企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。股份出让人与受让人之间签订了股权转让协议；并经股东会通过即发生转让效力。股份转让金的转让应作为实质性要件，如系股东与公司之间的争议，则依据股东名册的变更；如系股东之间的争议，则依据公司章程的变更；如系第三人的争议，则依据工商登记的变更。在形式化证据与实质性发生冲突时，应坚持形式化证据优先的原则。