苏州注销公司应该在当地市场监督管理局办理。具体注销流程如下：登报，在公司清算期间即可登报公示，注销公告至少需要公示45个工作日；注销社保；注销税务；注销公司营业执照；注销银行账户；注销印章，完成公司注销手续。

《市场主体登记管理条例》第三十一条

市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。经登记机关注销登记，市场主体终止。

市场主体注销依法须经批准的，应当经批准后向登记机关申请注销登记。